Far Cry 3 กลับมาใช้ฉากเป็นทะเลเกาะทางใต้กันอีกครั้ง หลังจากที่ภาคสองหนีเที่ยวป่าโปร่งทุ่งหญ้าซาวันน่าแถบแอฟริกาไป ระบบการเล่นของ Far Cry 3 จะไม่ได้เป็นแค่คำว่าเกมยิง FPS เพราะมันเป็นมากกว่านั้น เหมือนเกมยิง ผสม เกมผจญภัย ผสมเกมเอาตัวรอดเซอร์ไววัล และอื่นๆ ที่เน้นความสมจริงมาก ทั้งเรื่องของฉากในเกม แอคชั่นตัวละคร และอื่นๆ ผู้เล่นสามารถสำรวจพื้นที่ต่างๆบนเกาะแดนใต้แห่งนี้ได้ตามใจชอบ ไม่ว่าจะว่ายน้ำ สำรวจถ้ำ พูดคุยขอความช่วยเหลือจาก NPC ซึ่งฉากของ Far Cry 3 นี้ทางผู้พัฒนาบอกว่าเขาได้ทำให้มีกว้างใหญ่มากขึ้นกว่าภาคสองหลายเท่าตัวกันเลยทีเดียว ระบบต่อสู้ของเกม นอกจากจะเป็นเกมยิงแบบทั่วไปแล้ว ยังมีการต่อสู้ด้วยมือเปล่าในระยะประชิด การลอบสังหารศัตรู แย่งอาวุธของศัตรูมา และเพิ่มระบบต่างๆให้สมจริงมากที่สุดเท่าที่จะทำได้ ซึ่งตัวละครเราเองก็จะมีติดอาการบาดเจ็บ ติดโรค หรือเชื้อ จากพืชมีพิษ เห็ดมีพิษ และอื่นๆ ได้เหมือนในชีวิตจริงๆด้วย เมื่อติดโรคแล้วก็ต้องพยายามหายามารักษา โดยในเกมจะมีด็อกเตอร์สติเฟื่องคอยช่วยเหลือคุณอยู่